２つのワクチンを仮予約で受付をしているが、定期接種の関係で一方のワクチンのみ指定日以降に予約が入らないようにしたいです。

それぞれ診療科を分けて登録し、指定日以降の予約枠の受付可能数を「0」にすることで設定することができます。
診療科が不足している場合は、カスタマーセンターへご連絡をお願いいたします。
通常２～３営業日にて追加対応を行っております。