予約受付期限を、午前中までの予約で当日の午後は接種可能という設定にすることはできますか。

予約受付期限の設定については日数単位となっている為、そのような設定はできません。
前日に手動で予約枠の編集を行い、午前中の受付人数を０に変更することで午後のみ予約受付を行うことで運用することは可能です。