2種類のワクチンの在庫登録時、それぞれの診療科を別々にする事は可能ですか？

可能です。
詳しくは、マニュアル5-1をご確認ください。
（医療機関管理画面右上の「？」アイコン内にある「FAQ」より、操作マニュアルをご覧いただけます。）